В отличие от обычных клеток вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) содержит только РНК, но и её изучение занимает много времени и ресурсов. Особый подход разработали генетики из медицинской школы университета Северной Каролины (University of North Carolina School of Medicine). ВИЧ, как и те вирусы, что вызывают грипп, гепатит С и полиомиелит, содержат свою генетическую информацию в РНК, а не в ДНК. Все данные зашифрованы в виде последовательности нуклеотидов. Однако РНК изучить сложнее, у неё более комплексная пространственная структура, которая всячески «извивается», образуя трёхмерные объекты.
Благодаря технологии, разработанной доктором Кевином Уиксом (Kevin Weeks) и его коллегами, учёным впервые удалось проанализировать структуру геномов ВИЧ, выделенных из инфицированных тканей. Выращиванием материала, содержащего триллионы вредоносных частиц, занимались вирусологи из Национального института рака (National Cancer Institute).
Ранее учёные могли подступиться только к отдельным участкам двух несвязанных нитей РНК ВИЧ, состоящих из почти десятка тысяч нуклеотидов. Теперь же генетики охватили весь геном и выяснили, что рибонуклеиновая кислота играет важную роль на нескольких этапах процесса инфицирования ВИЧ.

Здесь показана примерно пятая часть генома РНК ВИЧ (каждая сфера – это отдельный нуклеотид) (иллюстрация University of North Carolina School of Medicine).
«Её влияние на экспрессию генов раньше сильно недооценивалось», — говорит Уикс в пресс-релизе университета.
Что будет, если попробовать изменить некоторые этапы жизненного цикла вируса? «Можно попытаться поменять последовательности нуклеотидов РНК и посмотреть, заметит ли вирус, — предполагает профессор Рональд Сванстром (Ronald Swanstrom). – Если при этом не произойдёт роста, сопровождающего мутации, то можно считать, что удалось повлиять на какой-то важный для вируса процесс».
«Постепенно мы начинаем понимать, какими фокусами пользуется ВИЧ, чтобы избежать обнаружения иммунной системой человека», — добавляет Уикс.
Это исследование наверняка подстегнёт дальнейшее изучение ВИЧ и поможет в более быстрой разработке антивирусных препаратов и способов лечения от вирусов, таких как тот, что вызывает СПИД. Статья авторов опубликована в журнале Nature.