14 августа 1775 года Екатерина II (1729–1796) издала манифест «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской Губернии». «Мы восхотели объявить во всей Нашей Империи, — говорилось в документе, — что Сечь Запорожская вконец уже разрушена со истреблением на будущее время и самого названия Запорожских казаков…». Ещё в конце XV века на границах со степью (Диким Полем), где до этого безраздельно хозяйничали татары, начинают оседать люди, по той или иной причине ставшие маргиналами. Это были беглые крестьяне, скрывавшиеся преступники, опальные дворяне, да и просто «лихие головы» — те, кому мирная жизнь была не по нутру и для кого сабля была дороже жены. Все это были люди «отчаянные», привыкшие к опасностям и особо не ценившие ни свою, ни вражескую жизнь. Таких стали называть казаками (от тюркского «вольный человек»). В конце XVI века запорожцы превратятся в военное сословие. Тогда в Сечь будут съезжаться не только те, кто хотел лишь саблей махать, но и те, кто считал своим долгом защищать отечество от степняков. И, тем не менее, своей маргинальности Сечь никогда не потеряет, и война навсегда останется главным источником казацкого дохода.
В 1556 году князь Дмитрий Вишневецкий (1516–1563) со своими людьми, стремившийся создать заслон против татарских набегов, худо-бедно сорганизовал эту разношерстную братию и попытался направить ее энергию в нужное русло. Он построил укрепление за Днепровскими порогами, на острове Малая Хортица. С этим событием обычно связывают начало Запорожской Сечи.
Украинское слово «січь» означает то же, что и русское «засека», то есть оборонительное укрепление, построенное с помощью лесных завалов. Подрубленные (подсеченные) на высоте человеческого роста деревья валились верхушкой в сторону, откуда можно было ожидать нападения врагов. Ряды поваленных деревьев были почти непроходимым препятствием для татарской конницы. А поскольку запорожские казаки строили свои укрепленные пункты на днепровских островах, взять их было практически невозможно.
Впоследствии словом «Сечь» стали обозначать столицу (военный и административный центр) запорожского казачества, а также область за Днепровскими порогами, где сложилась своеобразная казацкая «республика».
Основанная Дмитрием Вишневецким Хортицкая крепость просуществовала до 1558 года, когда ее пришлось оставить из-за недостатка сил (шла мобильная война с татарами). Но в семидесятых годах XVI века Сечь возникла снова, теперь на острове Томаковка (около современного города Марганец Днепропетровской области). В 1593 году столицу вольного казачества перенесли на днепровский остров Базавлук, ныне затопленный Каховским водохранилищем. В будущем Сечь еще не раз переменит свое место.

В 1569 году была заключена Люблинская уния, соединившая Польское королевство и Великое княжество Литовское в единое государство — Речь Посполитую (иногда называемую просто Польшей). Тем самым украинские земли вместе с Запорожьем, ранее входившие в состав Литвы, оказались в границах нового государства. Это многое изменило. Во-первых, украинские крестьяне оказались под властью польских феодалов-католиков: социально-экономический гнет дополнился религиозным, что увеличило приток беглецов в Запорожье. Кстати, уходить будут не только крестьяне, но и дворяне. Во-вторых, изменилось отношение власти к казацкой вольнице. Конечно, правительство Речи Посполитой не радовала утечка населения, но, с другой стороны, оно вынуждено было мириться с ней. Дело в том, что польские короли, в отличие от литовских князей, желали «реально» контролировать всю территорию, формально им подвластную. И если Литва относилась к южно-украинским землям как к заброшенной окраине, то Польшу такой подход не устраивал. Однако она не имела достаточной силы для охраны южных границ государства от татарских набегов и нуждалась в помощи казаков.
Поэтому в 1576 году король Стефан Баторий даровал казакам право на войсковое устройство, а их атаману — гетманские клейноды (регалии). Шесть тысяч казаков были внесены в специальные списки (реестр). Им было установлено жалование за службу по охране границ.
Конечно, после реформы Стефана Батория среди запорожцев началось социальное расслоение. Реестровые казаки стали элитой по сравнению с теми, кто в реестр внесен не был. Таких называли голутвенными казаками (от украинского «голота» — голытьба, беднота) — маргиналов среди них, действительно, было достаточно. Однако несмотря на то, что социальная дифференциация внутри Сечи медленно прогрессировала, она не привела к жесткому противостоянию среди запорожцев, по крайней мере до второй половины XVII века. Сечь всегда считалась «общиной равных», своеобразной «военной демократией». Вне зависимости от материального положения каждый казак имел право участвовать в войсковом собрании (раде) и мог быть избран на любую должность.
Верховным органом Сечи была Сечевая рада, решавшая все важнейшие вопросы. Сечевая рада избирала кошевого (от украинского кош — «лагерь») атамана — главу войскового управления в Запорожской Сечи, а также войскового судью, войскового есаула и войскового писаря. Все вместе они составляли Войсковую старшину. Они избирались на один год, но могли быть заменены и ранее, если войско было ими недовольно.
Само войско делилось на курени, в которые объединялись казаки-земляки. Куренем называлась также длинная бревенчатая казарма, служившая казацким «общежитием». Каждый курень выбирал куренного атамана, ведавшего хозяйством и всеми внутренними делами. Женщины на Сечь не допускались, хотя у некоторых казаков «на стороне» были и семьи, и жены.

Главными врагами запорожских казаков долгое время были татары и турки. Крымские татары, поддерживаемые Турцией, совершали систематические разбойничьи набеги на украинские и южнорусские земли, разоряя их и угоняя в рабство население. Казаки отвечали морскими и сухопутными рейдами в Крым и Турцию.
На казацких лодках («чайках») запорожцы спускались вниз по Днепру в Черное море, опустошая турецкие и татарские владения. Совершали они и дальние рейды через Босфор в Средиземное море. Не раз флот запорожцев появлялся под стенами Стамбула. Крупнейшим казацким флотоводцем был гетман Петр Сагайдачный. Под его предводительством казаки в 1605 году взяли турецкую крепость Варну, в 1616 году овладели Синопом и Трапезундом, а затем, уничтожив турецкий флот, взяли Кафу (нынешняя Феодосия), освободив несколько тысяч христианских пленников, которых должны были продать в рабство.
В 1621 году под Хотином сорокатысячное запорожское войско во главе с гетманом Сагайдачным, объединившись с тридцатипятитысячным польско-литовским войском, одержало блестящую победу над двухсоттысячной армией турецкого султана. К несчастью, Сагайдачный был тяжело ранен в сражении и через год умер от полученных ран. В 60–70-х годах XVII века запорожцы под руководством кошевого атамана Ивана Сирко предприняли ряд успешных походов в Крым, а также участвовали вместе с русскими войсками в Чигиринских (1677–78), Крымских (1687 и 1689) и Азовских походах (1695–96).
Однако запорожцы воевали не только против «басурман». Запорожские казаки (их ещё в то время называли черкасами) приняли активное участи в событиях Смутного времени (1605–1618) в Московском государстве, сражаясь на стороне Лжедмитрия I, Лжедмитрия II и польских интервентов. В 1618 году запорожское войско во главе с гетманом Сагайдачным даже осаждало Москву. Но, в то же время, это не мешало казакам поднимать антипольские восстания, требуя независимости.
Таким было восстание, организованное гетманом Богданом Хмельницким весной 1648 года. Не имея возможности отстоять независимость Украины, Хмельницкий обратился за помощью к Москве (1654). Война продолжалась до 1667 года и завершилась присоединением Левобережной Украины с Киевом к России.

Переход в подданство московского государя почти не повлиял на внутренние порядки в Сечи. Серьезные конфликты с царским правительством начались только при Петре I, который не только заставил голутвенных казаков платить подушную подать, но и начал строительство крепостей недалеко от Запорожской Сечи.
После измены гетмана Ивана Мазепы, весной 1709 года, кошевой атаман Константин Гордеенко почти со всей старшиной и восемью тысячами казаков перешел на сторону Карла XII. В ответ Петр послал на Сечь карательную экспедицию под командованием полковника Петра Яковлева. Он подошел по Днепру к Сечи и с помощью казацкого полковника Игнатия Галагана 14 мая 1709 года взял её приступом. Пленные запорожцы были казнены, а укрепления Сечи разрушены.
26 мая 1709 года Петр I издал манифест, объявлявший об уничтожении Сечи и предписывавший «впредь запорожцев в русские границы не пускать», за исключением тех, которые придут поодиночке с повинной, без оружия. Обвиняя запорожцев в измене, Петр писал: «…Запорожцы при некоторых случаях являлись… покорными, однакож никогда не оставляли злобного своего умышления, чинили то лукавно и искали всегда ко исполнению того своего замышления времени, яко воры и разбойники…».
После разрушения Старой Сечи запорожцы попытались в 1710 году основать свою новую столицу при впадении реки Каменки в Днепр (в нынешней Херсонской области), но в следующем году по приказу Петра I она была также уничтожена гетманом Иваном Скоропадским и генералом Иваном Бутурлиным. Оставшиеся в живых казаки на «чайках» переправились во владения крымского хана и основали на левом берегу Днепра, в урочище Алешки близ современного Херсона, так называемую Алешковскую Сечь.
Но на новом месте казаки чувствовали себя не особенно уютно. Близкое соседство с ногайцами и крымскими татарами заставляло все время быть настороже. В конце концов, было принято решение искать пути примирения с русским правительством. Но разрешение вернуться на родину запорожцы получили только при Анне Иоанновне, в 1734 году. Новую, или Подпиленскую Сечь они основали на острове Чертомлык, в устье реки Подпильной. Новая Сечь была только слабой тенью старой. Выпросив у русского правительства прощение, запорожцы должны были покорно выполнять его требования. В 1736 году в Сечи было построено укрепление, в котором находился постоянный царский гарнизон: Москва не переставала относиться к казацкой вольнице с подозрением. С ней приходилось мириться до тех пор, пока Сечь была необходима для защиты южных границ империи от набегов крымских татар. Но после разгрома Крымского ханства и его перехода под протекторат России (1772) участь Сечи была предрешена.
У русского правительства было несколько причин для недовольства Сечью. Во-первых, сюда по-прежнему стекались беглые крестьяне и солдаты, искавшие спасения от рекрутчины. Запорожцы, как правило, беглецов не выдавали. Во-вторых, запорожцы препятствовали введению крепостного права на южной Украине, считая эти земли своими. В-третьих, своеволие запорожцев приводило к постоянным конфликтам с соседними государствами. Запорожцы не только принимали беглецов с Правобережной Украины, принадлежавшей Речи Посполитой, но и вливались в отряды гайдамаков (так называли участников казацких и крестьянских восстаний против польской шляхты и католического духовенства). Последнее восстание гайдамаков в 1768 году («Колиивщина») было с трудом подавлено с помощью русских войск. Продолжавшиеся, вопреки запрету русского правительства, набеги запорожцев на южные земли осложняли отношения с Турцией. Так, поводом для начала русско-турецкой войны 1768–1774 годов послужило нападение запорожцев на пограничный турецкий город Балту.
В начале мая 1775 года генерал-поручик Петр Текели получил приказ занять Сечь и положить конец вольному устройству и своеволию запорожцев. Располагая двадцатипятитысячным экспедиционным корпусом, Текели осадил Сечь. Все произошло быстро и без крови: внушительный вид пушечной батареи, выставленной генералом напротив запорожских укреплений, убедил казаков, и 5 июня 1775 года они сдались без боя. Сечь была разрушена, а 14 августа последовал манифест Екатерины II, санкционировавший ликвидацию Сечи «с уничтожением самого имени запорожских казаков».

Ликвидация Запорожской Сечи и раздача запорожских земель помещикам заставили многих казаков бежать во владения турецкого султана. Основную часть беглецов составляла запорожская беднота, которой грозило закрепощение. Турецкое правительство было заинтересовано в том, чтобы запорожцы перешли к нему на службу, и поэтому разрешило им селиться на пограничной территории под Очаковом. Всего в Турцию бежало, по различным оценкам, от пяти до семи тысяч казаков.
Екатерина II требовала выдачи беглецов. Но турки на это не пошли. Напротив, они переселили казаков подальше от границы, на правый берег Дуная, чтобы не мозолили императрице глаза. В 1778 году султан официально признал запорожцев своими подданными. На турецких землях казаки основали Задунайскую Сечь, которая несколько раз меняла свое местонахождение, пока не обосновалась в Георгиевском гирле Дуная. Жилось казакам в Турции, по словам украинского историка Михаила Грушевского, неплохо, только «мучила совесть запорожцев, что приходится помогать бусурманам воевать против христиан». Поэтому Задунайская Сечь постепенно таяла из-за бегства отдельных отрядов запорожцев к своим единоверцам в Россию.
В ответ на массовый «исход» запорожцев в Турцию русское правительство арестовало бывших войсковых старшин и кошевого атамана Петра Кальнишевского. Кальнишевский более 25 лет провел в заключении в Соловецком монастыре, где умер в 1803 году, как утверждают, в возрасте 112 лет.
И тем не менее, когда в 1787 году началась очередная война России с Турцией, русское правительство обратилось за помощью к бывшим запорожцам, которые ещё оставались на Украине. Из них было создано так называемое «войско верных казаков», переименованное в 1788 году в Черноморское казачье войско. В русско-турецкой войне 1787–1791 годов черноморским казакам пришлось сражаться со своими бывшими соотечественниками из Задунайской Сечи.
Иная ситуация сложилась в мае 1828 года, в начале новой русско-турецкой войны (1828–1829). Тогда часть «турецких» запорожцев во главе с кошевым атаманом Осипом Гладким (1789–1866) под Измаилом перешла на сторону русской армии. В ответ на это турки уничтожили Задунайскую Сечь, жестоко расправившись с оставшимися там казаками. Из тех же, кто решил остаться на территории России, было сформировано Азовское казачье войско. Его поселили между Мариуполем и Бердянском. В 1860 году оно было переселено на Кубань и вместе с Черноморским войском влилось в Кубанское казачье войско.
«Було колись — в Україні ревіли гармати (пушки); було колись — запорожці вміли пановати. Пановали, добували і славу, і волю; минулося — осталися могили на полі», — писал Тарас Шевченко (1814–1861), подводя итог двухвековой истории Запорожской Сечи.